Plzeňský kraj získal v červenci 2014 certifikát systému managementu kvality podle normy ISO 9001:2008 pro předmět činnosti „Výkon přenesené působnosti a plnění úkolů v samostatné působnosti Krajským úřadem Plzeňského kraje“. Certifikát byl platný tři roky do července 2017. V červenci 2017 získal Plzeňský kraj nový certifikát systému managementu kvality podle normy ISO 9001:2015 s platností do 10. července 2020, v červnu 2020 tento certifikát Plzeňský kraj obhájil, byl vydán certifikát nový s platností do 10. července 2023. V současné době je Plzeňský kraj držitelem certifikátu s platností do 10. 7. 2026.
Systém managementu kvality dle požadavků normy ISO byl zaveden na třech odborech: kancelář ředitelky, dopravy a silničního hospodářství a regionálního rozvoje. Plzeňský kraj byl teprve třetím krajem, který certifikát systému managementu kvality dle normy ISO v roce 2014 získal. V rámci zavádění systému kvality řízení krajský úřad zpracoval Vize, Mise a Politiku kvality Krajského úřadu Plzeňského kraje.
Certifikační audit prováděl nezávislý certifikační orgán LL-C (Certification) Czech Republic s.r.o.