Výbory jsou iniciativní a kontrolní orgány zřízené zastupitelstvem Plzeňského kraje. Výbory plní úkoly, kterými je pověří zastupitelstvo. Svá stanoviska a návrhy předkládají výbory zastupitelstvu. Zastupitelstvo Plzeňského kraje zřizuje vždy výbor finanční, výbor kontrolní a výbor pro výchovu, vzdělávání a zaměstnanost.
Volební období 2012 – 2016:
Finanční výbor – předseda Ing. Václav Votava (ČSSD)
Kontrolní výbor – předsedkyně JUDr. Marcela Krejsová (ODS)
Výbor pro veřejné zakázky – předseda Ing. Věstislav Křenek (KSČM)
Výbor pro výchovu, vzdělání a zaměstnanost – předseda Iva Hořanová (ČSSD)
Výbor pro zdravotnictví a sociální věci – předseda Mgr. Ing. Pavel Karpíšek (ODS)