Českým kontrolním orgánem pro OP Česká republika – Svobodný stát Bavorsko je Centrum pro regionální rozvoj ČR. Bude především ověřovat legalitu a oprávněnost výdajů vykázaných každým příjemcem dotace včetně partnerů. V příloze je k dispozici návod ke správnému dokladování výdajů.
Kontroloři jsou oprávněni ověřovat, že:
- vykazované výdaje jsou skutečné
- spolufinancované produkty a služby byly dodány v souladu se smlouvou o poskytnutí podpory z ERDF
- realizace projektu a výdaje na projekt jsou v souladu s národní legislativou a legislativou Společenství
- je vyloučeno dvojí financování z jiných programů Společenství nebo národních programů
- žádost o platbu předložená příjemcem je v pořádku
K 31.3.2011 byla provedena aktualizace dokumentu Náležitosti dokladování pro přeshraniční programy Cíle 3 Evropské územní spolupráce – konkrétně byla zavedena povinnost vyplňovat výkaz práce (protokol u DPP/DPČa) a byla upravena sestava "přehled pracovních cest" a sestavy rekapitulace mezd.